Saga Ruby & Sapphire

Al igual que la saga anterior, aquí nos vamos a Hoenn, lugar donde el nuevo protagonista de 11 años llamado Ruby se muda para estar con su padre, líder de gimnasio de la región. Pero el chico no aguanta en su nueva casa demasiado tiempo, en cuanto puede se encamina en su propia aventura pokémon. Ruby no es un entrenador, su objetivo es ganar todas las cintas de los concursos de la región. Por el camino hacia su meta se encuentra a la otra protagonista, Sapphire, una entrenadora salvaje que pretende ganar todas las medallas de gimnasio de la región. Ellos dos realizan una apuesta a ver quien acaba su objetivo antes. También aparece Wally, un chico asustadizo e inseguro el cual ira evolucionando como entrenador durante la saga. 

En esta región aparecen dos grupos criminales que van tras las esferas de Groudon y Kyogre, estas organizaciones se hacen llamar Equipo Magma y Equipo Aqua, nuestros protagonistas tendrán que detenerlos mientras cumplen con la apuesta.

Se compone de ocho tomos (15-22), un total de 87 capítulos.