Saga Gold, Silver & Crystal

Esta nueva saga da un giro de protagonistas, empieza en una nueva región: Johto. Es el inicio de una nueva aventura donde Gold, un entrenador de 11 años, empieza su viaje pokémon y recibe su pokémon de manos del profesor Elm. A la par, un chico llamado Silver roba un Totodile del laboratorio del profesor convirtiéndose en el rival de Gold. El profesor Oak necesita entrenadores que porten pokedex para completarlas por lo que les entrega una a  Gold y Crystal, una chica experta en la captura de pokémon. En esta región se encuentra una rama de la organización malvada de la primera saga, Neo Team Rocket.

Se compone por siete tomos (8-14), un total de 90 capítulos.