Saga Heart Gold & Soul Silver

Dos años después del enfrentamiento en el Battle Frontier de Hoenn, Gold es enviado por el Profesor Elm a una misión de gran urgencia: Encontrar a Lance. Silver intenta desmantelar el Team Rocket el mismo para vengarse de lo que le hicieron a él y a su padre. Por el camino se encuentra a Crystal, quien lo estaba buscando. Deben enfrentarse a Arceus, el Dios Pokémon, ahora manejado por el Team Rocket sin lider. Los tres protagonistas se enfrentaran a él y a los tres pokémon legendarios del tiempo y el espacio: Palkia, Dialga y Giratina.

Se compone de dos tomos (41-42),  un total de 19 capítulos.