Cinco años después de lo ocurrido en 'Pokémon Colosseum', la banda Cífer vuelve a estar plenamente operativa. Gracias a su última creación, una versión oscura del poderoso Lugia, amenaza con controlar a todos los Pokémon de la región de Aura. Michael, el nuevo héroe de esta aventura, será ahora el encargado de ponerse manos a la obra y acabar con Cífer de una vez por todas.
Manteniendo intactos los pilares básicos de su predecesor, 'Pokémon XD' nos propone una genial aventura por la región de Aura entablando apasionantes combates en 3D, con el añadido de poder capturar algunos Pokémon salvajes además de los Pokémon Oscuros que consigamos arrebatar a sus captores.