Dejando de lado toda conexión con la saga principal de la franquicia, 'Pokémon Colosseum' nos mete en la piel de Leo, un antiguo miembro del Equipo Cepo, una organización encargada de robar Pokémon y entregarlos a la poderosa banda Cífer para que puedan convertirlos en Pokémon oscuros.

Junto a nuestros fieles compañeros Espeon y Umbreon, que nos asistirán en espectaculares batallas tridimensionales, nuestro cometido será el de viajar por distintas localizaciones de la región de Aura con el fin de encontrar y purificar a todos los Pokémon oscuros, así como desbaratar la conspiración que tras ellos se esconde.