'Pokémon Zafiro Alfa' es un nuevo acercamiento al mundo de 'Pokémon Edición Zafiro'. Con gráficos mejorados y nuevos contenidos, este es el marco ideal para demostrar que eres el mejor Entrenador Pokémon de la región: captura, entrena y lucha contra Pokémon en este RPG.

Viaja por la región de Hoenn, donde dos grandes organizaciones con objetivos contrapuestos se enzarzan sin fin: el Equipo Agua y el Equipo Magma. El Equipo Agua busca subir el nivel de los mares en la región de Hoenn, mientras que el Equipo Magma aspira a expandir la superficie terrestre. En 'Pokémon Zafiro Alfa', el Equipo Agua ostenta más poder, mientras que en 'Pokémon Rubí Omega' es el Equipo Magma el que tiene un papel preponderante. Elijas la versión que elijas, acabarás metido en el corazón de esta guerra.