Serie villanos: Team Plasma

Los nuevos protagonistas tendrán la ayuda del Team Plasma Blanco para vencer a los nuevos villanos, contando con que su líder N tiene al Pokémon legendario correspondiente. Un hijo contra su padre, incapaz de soportar la derrota, el anciano pierde la cabeza y se ve imposibilitado para seguir haciendo el mal, delirante y confundido es recogido por el Trio Sombrío. Mientras que N, agradecido por la ayuda, pretende ir a buscar a los protagonistas de la primera historia, ya que se hicieron amigos en el trayecto, para darle las gracias.

El Team Plasma tiene de base secreta el Palacio de N, situado bajo la Liga Pokémon, hasta que N disgrega la organización y queda vacío, por parte de Ghechis está la Fragata Plasma, un barco que consta de una sola cubierta, en la cámara de refrigeración encierran a Kyurem y tienen todo el equipamiento científico para Acromo y el despacho de Ghechis. Sorprendentemente, esta fragata tiene la capacidad de volar por la propulsión que les genera el poder de Kyurem.

En el anime tienen una aparición bastante importante, N desde el principio es bueno y viaja con Ash y compañía, mientras Ghechis y el Team Plasma están detrás del chico y del Pokémon legendario. Durante toda la aventura N está de parte de Ash y los Pokémon, sabiendo que el Team Plasma trama algo, dado que a diferencia del juego, en esta historia el día de la coronación Reshiram irrumpe furioso en el Palacio y se lleva a N a un lugar seguro. Aparecen varios soldados de parte de Ghechis que combaten contra los protagonistas, mientras Acromo esta con sus investigaciones creando una máquina para controlar a Reshiram.

En el manga, el principal villano es N, que se dedica sin piedad a destrozar la moral de los protagonistas y a hacer que sus Pokémon los abandonen. En la escena de la noria, rapta a la protagonista White, llevándola a la noria medio dormida, cuando despierta hablan de las libertades  y la justicia con respecto a los Pokémon, en cierto momento, N tira a la chica desde la cabina de la noria, estando a bastante altura y quedándose con su Pokémon, que a pesar del daño que acaban de provocarle a su entrenadora decide seguir a N.

En cierto punto, el héroe Black deja su aventura y vuelve a su pueblo natal devastado y sin alguno de sus Pokémon porque lo abandonaron. Sin embargo durante la historia, N empieza a estar confuso sobre su objetivo y al final del todo, cuando los protagonistas se enfrentan a él, Ghechis desvela sus verdaderos objetivos y N queda sumido en la confusión, desorientado. En la secuela, el villano principal pasa a ser Acromo, que maneja todos los hilos y da la casualidad que White 2, la protagonista, era parte del Team Plasma Blanco, medio enamorada de N,  decide atender a la escuela de Cheren, donde se encuentra con Black 2, que realmente es un Policía Internacional como Handsome. Juntos deciden luchar contra el Team Plasma Negro.

Esta batalla entre las creencias puras de un niño que amaba a los Pokémon y un anciano que soñaba con acumular tanto poder que dominara el mundo acaba con la locura del villano y la paz del héroe.  N irá a buscar a su amigo, para agradecerle de corazón todo lo que hizo por él.