'Pokémon Puzzle Collection' es una colección de 80 minijuegos divididos en cuatro categorías de 20 niveles diferentes de dificultad creciente en los que podrás encontrar diferentes Pokémon y añadirlos a la Minidex interna.

En los diferentes juegos incluidos, encontramos Shadow Puzzle en el que tenemos que rellenar la sombra de un Pokémon con unas piezas que se encuentran desodernadas. Los Motion Puzzles son una variante de la categoría anterior en la que tienes que encajar las secciones de la imagen de un Pokémon que están descolocadas.

En Rescue Mission, deberás ayudar a un Pokémon atrapado moviendo bloques y destrozándolos para abrirle paso y que salga del atolladero. Finalmente, una vez conseguido superar todos los retos habrá 20 niveles que supondrán el reto definitivo del juego.