Similar a la primera entrega, 'Pokémon Puzzle Collection Vol. 2' incluye más de 80 nuevos puzzles y modos de juego.

Entre los nuevos modos se encuentra 'Pick-Up Puzzle' donde debemos eliminar todas las pokéballs que vayamos encontrando en una dirección determinada, sin poder ir hacia atrás a no ser que haya una pokéball, o 'Stretch Puzzle', donde habrá que llenar los huecos vacíos según el número que saquemos con el dado.