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Una vez hayas vencido a Fabio, sal fuera para descubrir que el Team Skull está con la Fundación Aether. Tendréis que enfrentaros contra ellos, pero antes investigad la zona para encontrar un par de objetos.Tras esto, seguid por el camino principal para enfrentaros a tres miembros del Team Skull.
El primero tendrá un Golbat, el segundo un Raticate Alola y el tercero te dirá nanay. Hecho esto, enfréntate a Guzmán una vez más, quien tendrá un equipo más fuerte que la última vez, conformado por Golisopod, quien seguirá la misma estrategia que en Pueblo Po, Ariados, Masquerain y Pinsir.
Tras esto, entrad en la mansión. Pasad del vestíbulo a la sala contigua para ver a Samina y Lylia discutiendo por Cosmog, cuya vida está en peligro. Tras esto, seguid a Samina por el teletransportador para llegar a una habitación donde veréis una imagen perturbadora.
Hecho esto, veréis una escena bastante larga donde los Ultra Entes invadirán Alola, siendo necesario que incluso los Tapu tengan que enfrentarse a ellos para protegera sus habitantes. Asimismo, frente a vosotros aparecerá el mismo Ultra Ente que en la anterior ocasión, así como Guzmán. Ahora os tendréis que enfrentar contra lostres frente, siendo Tilo el encargado de derrotar a Guzmán, Gladio el encargado del Ultra Ente, mientras que tú tendrás que enfrentarte a Samina.
Su equipo está conformado por cinco Pokémon: Clefable, Milotic, Mismagius, Bewear y Lilligant.
Una vez les hayáis derrotado, retrasaréis la crisis de Alola, pero vuestros enemigos huirán al mundo de os UltraEntes. Asimismo, rescataréis a Cosmog, pero este estará muy raro y habrá cambiado de forma.